המצווה שנהיה קדושים, קְדֹשִׁים תִּהְיוּ כִּי קָדוֹשׁ אֲנִי ה' אֱ־לֹהֵיכֶם [ראש סדר טו בויקרא], היא מצווה מרכזית ביותר ולכן תקנו מסדרי התפילות את סדר קדושה בתפילת עמידה בחזרת הש"ץ.
נוסח הקדושה נקבע על בסיס ראשי סדרים בתורה ובנביאים.
ההצהרה הפותחת נַקְדִּישָׁךְ וְנַעֲרִיצָךְ נסמכת על ראש סדר יׄבׄ בישעיה
כִּי בִרְאֹתוֹ יְלָדָיו מַעֲשֵׂה יָדַי בְּקִרְבּוֹ יַקְדִּישׁוּ שְׁמִי וְהִקְדִּישׁוּ אֶת־קְדוֹשׁ יַעֲקֹב וְאֶת־א' יִשְׂרָאֵל יַעֲרִיצוּ:
הפסוק הראשון הוא ראש סדר גׄ בישעיה
וְקָרָא זֶה אֶל־זֶה וְאָמַר קָדוֹשׁ קָדוֹשׁ קָדוֹשׁ ה' צ' מְלֹא כָל הָאָרֶץ כְּבוֹדוֹ:
הפסוק השני הוא ראש סדר בׄ ביחזקאל
וַתִּשָּׂאֵנִי רוּחַ וָאֶשְׁמַע אַחֲרַי קוֹל רַעַשׁ גָּדוֹל בָּרוּךְ כְּבוֹד־ה' מִמְּקוֹמוֹ:
שני פסוקים אלו הם תיאורי התגלות השכינה לישעיה ויחזקאל.
הפסוק השלישי הנאמר כיום בתפילות מוסף, ובנוסח ארץ ישראל הקדום נאמר בתפילת שחרית (עיין שם בסידור א"י ממנו צולמה הקדושה) הוא ראש סדר וׄ בדברים שְׁמַע יִשְׂרָאֵל ה' א' ה' אֶחָד: שהוא הפסוק בו אנו מקבלים עלינו עול מלכות שמים.
סדר הקדושה מלמדנו שמימוש מצוות קדושים תהיו הוא בגילוי השכינה דרכנו בעולם, עוצמת הגילוי כעוצמת קבלתינו עול מלכות שמים.
וזו היתה תפילתו של נחמיה כשסיכן עצמו בפנותו למלך אַרְתַּחְשַׁסְתְּא במטרה להציל את העולים ואת ירושלים: אָנָּא אד' תְּהִי נָא אָזְנְךָ־קַשֶּׁבֶת אֶל־תְּפִלַּת עַבְדְּךָ וְאֶל־תְּפִלַּת עֲבָדֶיךָ הַחֲפֵצִים לְיִרְאָה אֶת־שְׁמֶךָ וְהַצְלִיחָה־נָּא לְעַבְדְּךָ הַיּוֹם.
פסוק זה הוא ראש סדר הׄ בעזרא.